Die Messung der Körpertemperatur ist von grosser medizinischer Bedeutung. Ursache dafür ist, dass eine Reihe von Erkrankungen durch charakteristische Änderungen der Körpertemperatur begleitet sind. Ebenso kann durch die Messung der Körpertemperatur der Verlauf bestimmter Erkrankung überwacht, und die Effizienz einer eingeleiteten Therapie durch den Arzt abgeschätzt werden. Fieber ist eine Reaktion auf krankheitsspezifische Reize, wobei hier der Sollwert des Temperaturzentrums variiert wird, um die Abwehr gegen den Krankheitsprozess zu fördern. Fieber ist die häufigste Form der pathologischen (krankhaften) Temperaturerhöhung.

Grundsätzlich gilt: die gemessene Körpertemperatur hängt immer vom Ort der Messung ab. Im Gegensatz zu der weit verbreiteten Ansicht gibt es deshalb keine einfache "Normaltemperatur".

Weiters variiert die Körpertemperatur des Gesunden mit der Aktivität und der Tageszeit. Eine typische Temperaturdifferenz von 0,5°C ist bei der rektalen Messung zwischen der höheren Abendtemperatur und der niedrigen Morgentemperatur physiologisch. Nach körperlicher Aktivität ist die Körpertemperatur grundsätzlich erhöht.

Grob wird eine Kerntemperatur von einer Oberflächentemperatur unterschieden, wobei die Oberflächentemperatur an der Hautoberfläche gefunden wird und eine Mischtemperatur zwischen der Körperkerntemperatur und der Umgebungstemperatur darstellt. Die Messung der Kerntemperatur wird durch das Einführen von Thermometern in Körperhöhlen angestrebt, dabei wird die Temperatur von Schleimhäuten erfasst.

Grundsätzlich ist bei der Temperaturmessung die technische Genauigkeit des Thermometers selbst von der klinischen Genauigkeit bei der Anwendung zu unterscheiden. Erstgenannte wird unter idealisierten Bedingungen zu Sicherung der Gerätegüte festgelegt, wobei hierzu die relevanten technischen Normen (EN) zugrundegelegt werden. Als Stand der Technik kann hier für höherwertige Thermometer eine Genauigkeit von +0,1°C angesehen werden. Die technische Genauigkeit darf vom Benutzer NICHT mit der genannten Anwendungsgenauigkeit verwechselt werden. Die beschriebenen messortabhängigen und zeitabhängigen Werte der Körpertemperatur des Menschen sind physiologisch bedingt und nicht auf eine Fehlfunktion des Thermometers zurückzuführen. Die Messgenauigkeit kann durch korrekte Anwendung erheblich verbessert werden (Bedienungsanleitung beachten!).

Die Kerntemperatur ist am sichersten unter Einführung eines Thermometers im Enddarm (rektale Messung). Diese Messung ist präzise und von geringer Streuung im Ergebnis. Hier findet sich ein Normalbereich von ca. 36,2°C bis 37,7°C.

Die vaginale Temperaturmessung der Frau zeigt bei vergleichbarer Stabilität gegenüber der rektalen Messung im Mittel eine geringfügige Unterschätzung von 0,1°C bis 0,3°C.

Die orale Messung kann als bukkale Messung (Backentasche) und als sublinguale Messung (unter der Zunge) ausgeführt werden. Beide Messungen unterschätzen die rektale Temperatur von ca. 0,3°C bis 0,8°C, wobei die sublinguale Messung der bukkalen vorzuziehen ist.

Klinisch gebräuchliche Messung der Oberflächentemperatur finden sich lediglich in der Achselhöhe (axillare Messung) sowie in der Leistenhöhle (inguinale Messung). In beiden Fällen wird die anhängende Extremität gegen den Körper gepresst, um den Einfluss der Umgebungstemperatur auszuschalten. Dies gelingt unter dem Nachteil einer hohen Messzeit nur unvollständig. Die axillare Messung unterschätzt beim Erwachsenen die rektale Temperatur um ca. 0,5°C bis 1,5°C!

Bei Kleinkindern sind diese Unterschätzungen gegenüber der Rektaltemperatur deutlich geringer.

Kontaktlose Thermometer messen die von einer Wärmequelle emittierte Strahlung. Aus dieser Strahlung kann auf die Oberflächentemperatur geschlossen werde. In Gebrauch sind derzeit vorwiegend Ohrthermometer. Diese beabsichtigen die schnelle Messung der Temperatur des Trommelfells.